W spisie szkół z czasów Komisji Edukacji Narodowej (1773-1794) szkoły we Franciszkowie nie wymieniono. Natomiast już w połowie XIX wieku we Franciszkowie istniała szkoła elementarna, w której uczono po polsku, a następnie po 1863 r. po rosyjsku.
Szkoła we Franciszkowie powstała prawdopodobnie około roku 1830. Pierwszy budynek był drewniany, kryty słomą. Składał się z jednej sali lekcyjnej oraz dwuizbowego mieszkania dla nauczyciela.

1915
Ze względu na zużycie blisko stuletnią eksploatacją budynek uległ zniszczeniu.
1916-1926
Zajęcia dydaktyczne odbywały się w mieszkaniach prywatnych u: p. Romana Bronowskiego w Jesionce,
p. Andrzeja Bronowskiego we Franciszkowie,p. Stanisława Ciastka, p. Franciszka Kwiecińskiego.
1922-1926
Budowa nowego murowanego budynku szkolnego.
1926
Oddanie do użytku budynku zawierającego dwie izby lekcyjne, kuchnię, duży korytarz oraz dużą salę.
Na piętrze było mieszkanie dla nauczycieli. Budynek ogrzewany był piecami węglowymi, nie było wody ani toalet.
1943-1944
Budynek szkoły został częściowo zniszczony. Szkołę zajęli żandarmi niemieccy. Stanisław Czepieliński- kierownik szkoły oraz Waleria Kotecka- nauczycielka, zostali rozstrzelani za udział w ruchu oporu
1944-1945
Zajęcia dydaktyczne odbywają się w mieszkaniach prywatnych.
1946
Rozpoczęcie zajęć w nieremontowanej szkole, zniszczonej przez działania wojenne.
1947
Dzięki staraniom kierownika szkoły Mikołaja Lasika szkoła została częściowo odremontowana: postawiono nowe piece, odmalowano pomieszczenia, wybudowano nowe toalety dla dzieci, przeprowadzono remont budynków gospodarczych.
1950
Wykonanie ponownego remontu szkoły - utworzenie trzeciej sali lekcyjnej.
1961-1964
Wybudowanie na terenie szkoły świetlicy, doprowadzenie prądu do budynku szkolnego.
1969-70
Szkoła po pierwszej rozbudowie. Zorganizowano: sześć sal lekcyjnych, szatnię, bibliotekę, pokój nauczycielski.
1975
W 30 rocznicę śmierci przez rozstrzelanie 30 osobowej grupy mieszkańców wsi Franciszkowa, Jesionki, Antoniewa, Prościeńca i Smolarni ówczesna ludność pragnie uczcić pamięć pomordowanych budując pomnik przy Szkole.
1980
Szkoła uzyskała na swe potrzeby budynek świetlicy gromadzkiej, w którym po remoncie wygospodarowano salę dla klasy zerowej i zastępczą salę gimnastyczną
1982
Odsłonięcie pomnika ku czci pomordowanych przez okupanta mieszkańców Franciszkowa i okolicznych wsi.
1988
Zainstalowanie aparatu telefonicznego w pokoju nauczycielskim, i doprowadzenie wody do budynku szkolnego
1993
Powstanie Społecznego Komitetu Rozbudowy Szkoły.
1993-1994
Zaadoptowanie budynku po SKR na cele dydaktyczno-wychowawcze z przeznaczeniem dla uczniów klas 0-III.
1994-1996
Rozbudowa budynku szkoły. W dobudowanej części budynku znajduje się przedsionek, hall, klatka schodowa, szatnia, kotłownia, magazyn, korytarz. Na piętrze sala lekcyjna, hall, toalety, korytarz.
2002
Sala gimnastyczna po remoncie.
Grudzień 2003
Społeczność szkolna wybiera patrona. Wszyscy uczniowie i nauczyciele biorą udział w głosowaniu. Patronem szkoły zostaje Jan Paweł II. Uroczystość nadania szkole imienia Jana Pawła II odbyłasię 16 października 2004

Dyrektorzy Szkoły Podstawowej im. Jana Pawła II od momentu jej powstania:
1889- p. Pytlasiewicz
1889-1907- p. Krasucka
1907-1912- p. Henryk Brauliński
1912-1914- p. Walerian Wieczorkowski
1916-1926- zajęcia w mieszkaniach prywatnych prowadzili:
1916-1918- p. Michał Smoliński
1918-1920- p. Franciszek Bronowski
1920-1926- p. Edmund Tomaszewski
1926- zajęcia w nowym budynku szkolnym.
1930-1931- p. Stanisław Zawiślak
1931-1936- p. Stefan Karniewski
1936-1943- p. Stanisław Czepieliński
1946-1948- p. Mikołaj Lasik
1948-1955- p. Stefan Strzeszewski
1948-1958- p. Alicja Lubańska
1958-1965- p. Sabina Krakowiak
1965-1972- p. Szczepan Sopiński
1972-1976- p. Urszula Garbalińska
1976-1994- p. Jan Banaszkiewicz
1994-1999- p. Longina Kroć
1999-2001- p. Tadeusz Kula
2001-2019- p. Ewa Frączkiewicz

2019- p. Beata Jackowska